在连续六次登上联赛领奖台（包括两次夺冠）的辉煌之后，FC洛里昂的战绩在1937年和1938年略有回落，分别取得了第八名和第九名。那些自1926年俱乐部创立之初便崭露头角的球队骨干成员开始步入职业生涯的后期。FCL试图重整旗鼓，特别是在1939年任命让·托米纳接替奥古斯特·富隆出任俱乐部主席。
然而，当时的国际政治环境并未给“鳕鱼军团”的复兴创造有利条件。1939年9月3日，法国对德国宣战。尽管洛里昂远离前线战场，但战争局势已然打乱了跨地区联赛的正常进行。一种替代方案是创立了“前辈杯”赛事，但洛里昂人最终仅名列第五。不过，由于法国杯中没有职业俱乐部参赛，橙黑军团得以闯入三十二强。
然而，随后的休赛期却充满了混乱与动荡。1940年6月21日，德军入侵并包围了洛里昂。这座拥有五大港口的城市因其战略重要性，被纳粹政权选中，计划在此建造构成“大西洋壁垒”的五座潜艇基地之一。同年8月，城市便遭受了首次轰炸，由此拉开了长达五年的毁灭性破坏序幕。
从1940年到1942年，FC洛里昂仍然努力在所参加的赛事中保持竞争力。起初，他们在南布列塔尼大区联赛中功亏一篑，未能夺冠。随后，他们在高级别联赛中继续征战。但到了1943年1月，在英军空军的大规模轰炸之后，城市面目全非。俱乐部不得不在赛季中途宣布退出比赛。这一次，FCL几乎走到了死亡的边缘。
体育公园球场已被德军改造为物资和军火仓库，无法再用于比赛。许多球员逃往乡下，其中不少人加入了抵抗组织。俱乐部的管理者们也展现了英雄气概。主席让·托米纳被捕入狱后，将主席职责委托给了伊夫·迪尼，一位身为抵抗运动成员的医生，他在凯旺收治伤员直至1944年8月被捕。
在秘书长雷内·伊利的推动下，一些球员仍设法在周日下午秘密聚会，组织一些友谊赛，试图维系俱乐部的生命火种。他们极其隐秘地在蓬蒂维会面，以免被发现。但参加正式比赛已无从谈起。在这样的条件下，体育成绩早已退居其次。
1945年5月10日，洛里昂包围圈获得解放。重建的时刻到来了。但战争的创伤依然存在，一些难民迟迟未能归来，城市满目疮痍。年底，保罗·雅佩向管理层提议成立一个球迷俱乐部，以提供实质性的财政援助。正是通过这种团结互助和坚定不移的重生意志，FC洛里昂才得以获得继续生存下去的力量。
数据印证：
2——由于战争背景所迫，FC洛里昂不得不连续两个赛季退出其所参加的联赛，尽管俱乐部并未停止存在。
这段历史不仅是FC洛里昂俱乐部史上最艰难的篇章，也是法国乃至欧洲体育在二战时期命运的一个缩影。它讲述了一支球队如何在国家沦陷、城市被毁的绝境中，依靠球员、管理者和球迷的隐秘坚守与不屈意志，保存下希望的火种。从被迫退出联赛到秘密进行友谊赛，从主席被捕到医生主席救治伤员，这段鲜为人知的故事，超越了体育竞技的胜负，展现了足球作为社区纽带和精神象征，在人类至暗时刻所焕发出的独特力量。正是这种在战火废墟中依然跳动着的橙色心脏，为俱乐部战后的凤凰涅槃埋下了最珍贵的种子。
